כמה זכרון ְּram יש לך שם?
לשנות ערכים להגדרות שלא מתאימות לכמות הזכרון הפיזי של השרת , יגרמו למערכת שלך להכנס לשימוש ב swap , מה שיגדיל את ה i/o delay של המערכת ועלול להאיט אותך עוד יותר.
החישוב לשינוי הערכים הוא דיי פשוט, אבל מאוד תלוי באופי התכנות של המסדים שלך , וצריך להתבצע בהתאם לכמות הזכרון של השרת.
זה לא יפתר לך בלהזיז ערך מסויים או לשנות מכמות של חיבורים לכמות שונה, בלי לפגוע בנקודה אחרת - כל פעולה שתבצע תבוא על חשבון פעולה אחרת.
בנוסף, אם יש לך בשרת יותר ממערכת אחת ( אולי יותר מאתר בודד ) וכולם משתמשים במסדי נתונים , כל אחד מהם מנצל בצורה שונה את המסדים..... וצריך להגדיר בהתאם.
אגב, תנקה שרתים שלא עובדים מהמסד ... אם אני לא טועה יש לך אתר אחד עם cron עצבני של קילומטר וחצי רשימת שרתים לא?
load כזה גבוהה לא תקין בכלל , ויכול גם לקרות מבעיות חומרה שונות מעבר מהשימוש המופרז שיש לך בחיבורים ל mysql ... שווה לבדוק.