שמח שיכולתי לעזור
למען השלמות, אני רק רוצה להסביר למה זה עובד גם:
לא התעמקתי יותר מדיי בקוד של FancyBox, אבל סביר להניח שהוא מצמיד ארועים (events) לחלקים מה-DOM ובצורה כזאת הוא עובד. הוא עושה את זה אחרי שהעמוד עלה (כי אז אתה מזמן את פקודת האתחול שלו). בכך שאתה מזריק HTML חדש, אתה בעצם יוצר DOM חדש שאליו לא הוצמדו הארועים המתאימים.
מנגד, זה לא מסביר למה בדפדפנים אחרים הכל תקין. בכל אופן, אני מאמין שהבעיה סובבת סביב הנושא הזה.