[IgalSt]

התשובה היא שכל הפקודות מבוצעות אחת אחרי השני, אבל הן לא מחכות לכך שהקודמת תסיים.
כדי שהיא תסיים עליך להשתמש ב-callback.
כמו כן אני ממליץ לשמור את ה-thisdiv שלך בתוך משתנה לשיפור היעילות על מנת לא לבחור אותו כל פעם מחדש ולהפוך אותו לאובייקט jQuery.

function fd(){
            var div = $("#thisdiv");
            div.fadeTo("slow" , 0.25, function(){
                div.animate({height:10},"slow", function(){
                    div.hide("slow", function(){
                           //תמשיך פה
                    });
                });             
            });
            
        }