מצטער על הדאבל פוסט.
הנה הפתרון:
יצירת השהייה של 3 שניות בעזרה אנימציה (השקיפות לא משתנה, ולכן
בעצם לא קורה כלום בזמן הזה), לאחר מכן fadeOut רגיל.
PHP קוד:
$("#selector").fadeIn("slow");
$("#selector").animate({ opacity: 1.0 }, 3000);
$("#selector").fadeOut("slow");
תודה לאלמוג על העזרה.