מהרגע שהרצת את הסקריפט, השרת הוא זה שמקמפל ומריץ אותו,
ולכן לא משנה אם תמחק את הקובץ או תצא מהדפדפן, השרת ממשיך את העבודה שלו.
(דוגמא דומה - אם אתה שולח קובץ להדפסה במדפסת, אחרי שהמדפסת מתחילה לעבוד אתה יכול לצאת/למחוק את הקובץ וההדפסה עצמה תמשיך!

)
בכל מקרה,
פיתרון פשוט שאני יכול להציע כדי לפתור את הבעיה זה ליצור קובץ שיודיע לסקריפט להפסיק לרוץ.
תוסיף לך כפתור בhtml שישלח פקודה לשרת ליצור קובץ לדוגמא: kill_script.
ואז בתוך הלולאה, תבדוק
קוד:
if(file_exists("kill_script"){
unlink("kill_script");
die();
}
ככה, בכל מעבר של הלולאה, זה יבדוק: אם הקובץ קיים - זה ימחק אותו (כדי שיאפשר לך להריץ שוב בפעמים הבאות) ויעצור לגמרי את הסקריפט.
אם הקובץ לא קיים - הלולאה תמשיך לרוץ
