אמרת שאתה רוצה ndb בשביל ביצועים טובים יותר.
אבל אם אתה מתכוון להתקין ndb על מכונה אחת אתה לא תראה שום שינוי לטובה בביצועים.
ndb נועד ליצירת cluster (מספר שרתים שעובדים במקביל - תלוי קונפיגורציה).
תגגל על הנושא ותלמד.
אם אתה רוצה להישאר עם שרת אחד, הייתי שוקל שימוש בmemcache
https://www.mysql.com/why-mysql/memcached/