[אדיר]

תגדיר פונקציה ותריץ אותה בלולאה - אחרי כל ריצה הלולאה תחכה X זמן ותרוץ שוב, עד 3 פעמים.
בנוסף, תבטל את מגבלת זמן הריצה של הסקריפט: http://davidwalsh.name/increase-php-...-limit-ini_set

בכל אופן - מה אתה עושה ולמה? זה נשמע קצת עקום.
אפשר להעביר את זה ל- cron job?