אפשר, זה פתרון מעולה.
רק קח בחשבון שאתה מבטל את האופציה להמיר קבצים ישירות ע"י הכנסת הנתיב שלהם בכתובת (לדוג':
http://www.2mp3.co.il/?v=rg_-HWzboPM) וזאת אחת הסיבות שניתן להעדיף את האופציה השנייה שהצעתי (שאיתה אפשר להישאר במבנה דף ממש דומה ובמימוש מאוד יפה).
אם אתה לא צריך את זה,
תוכל לעשות את זה באמצעות JS כמו שאמרת בצורה מעולה.
לא הבנתי גם על איזה הפרדת איזורי המרות דיברת בדיוק, אבל זה לא רלוונטי אז לא משנה.