mysql ישן ואין שום סיבה לעבוד איתו. הוא לא OOP, לא תומך בprepared statements ועוד. הוא פשוט ישן.
mysqli זה טוב, אבל יש PDO, שהוא לצורך העניין די דומה מאוד אבל מתאים לDB נוספים ויותר מקובל להשתמש בו (בפרויקטי OPEN SOURCE לדוגמה).
יש המון ספריות לשימוש בDB, אני אישית מאוד מאוד מאוד אוהב את
NotORM.
היא מאפשרת לגשת לDB בדרך נוחה מאוד.