שמע, אני לא מאמין ש PHP מקבל סימנים לטיניים.. כל עוד אתה משתמש בפונקציות שהבאתי הכל אמור להיות סבבה מהבחינה הזאת.
מבחינת הפלט? אם יש באמת סימנים לטיניים - אז כמובן שזאת בעיית קידוד. שים לב שאתה שומר גם את הקובץ עצמו בקידוד תואם וגם מגדיר קידוד תואם לעמוד. שוב - ממליץ UTF-8. אם אתה מגיע למצב שיש שאתה בכל זאת מקבל כקלט מחזורת בקידוד שגוי - iconv בהצלחה
http://php.net/manual/en/book.iconv.php