הפונקציה נשלחת ב-OnLoad, מה שאומר שהיא תופעל רק ברגע שהמסמך נטען במלואו - כולל התמונות, זה כנראה מה שגורם לבעיה שלך. תנסה אולי להוסיף קוד כזה לפני סגירת תגית ה-body שלך:
PHP קוד:
<script type="text/javascript">
$('#slides').cycle('pause'); return false;
</script>
בהצלחה.