בטח שאפשר.
מול איזה מסד אתה עובד ועם איזה extension?
אני מניח שזה mysql, אם כן אז כשאתה מתחבר עם mysql_connect תציב את הערך המוחזר במשתנה ואז בכל פעם שאתה מריץ פונקציה תעביר כפרמטר את זה.
דוגמה:
PHP קוד:
<?php
$link1 = mysql_connect(connect....);
$link2 = mysql_connect(connect....);
// Select db for link 1
mysql_select_db($link1, db..);
// Select db for link 2
mysql_select_db($link2, db..);
// Query using link 1
mysql_query(query_string..., $link1);
// Query using link 2
mysql_query(query_string..., $link2);