אהלן,
jdk - java development kit.
אתה יכול להוריד אותו מהאתר של java, אבל למה? כמעט לכל הפצה יש חבילה לjdk, למשל:
sun-java6-jdk
וגם לדגזכוכוית:
glassfishv2
sudo apt-get install glassfishv2
אמור גם להוריד את כל הdpendencies.
בגדול (אם נזניח דברים ונפשט), אז דג-זכוכית לג'אווה כמו שאפאצ'י לPHP.
למשל הנה אתר שרץ על דג זכוכית:
http://uptime.netcraft.com/up/graph?site=blogtrader.net