עדיף שביודעין תוריד את הSAFE MODE ותכתוב את הקוד שלך עם מודעות לאבטחת מידע, מאשר להיות שאנן ולסמוך על הSAFE MODE שיעשה בשבילך את העובדה
כמובן שאין פסול בלהשתמש בכלים נוספים לשמור על האבטחה שלך, כמו למשל mod_security המצויין.
בקשר לשאלה שלך
לא צריך לעשות שום דבר מעבר לביטול הSAFE MODE, כל הדברים שבוטלו בגללו יתאפשרו לבד.