מפרידים פקודות ב JS על ידי ";" מה שאומר שהקוד שלך צריך להיות ככה:
קוד:
<html>
<head>
</head>
<body onload="window.open('http://www.one.co.il/','popUp1','width=200,height=100'); window.open('http://www.msn.co.il/','popUp1','width=200,height=100')">
</body>
</html>