קובץ SQL מהPHPMYADMIN בעצם מכיל רשימת פקודות SQL.
שרת הHTTP לא יודע מה לעשות איתו, אתה צריך לשלוח אותו איך שהוא לשרת הMYSQL.
אתה יכול לכתוב משהו שיחקה את הפעולה של הPHP MYADMIN.
בקשר לשינוי קובץ.
בPHP יש אפשרות להתעסק עם קבצים(כתיבה לתוכם/מחיקה ועוד)
עם הפונקציות האלה אתה יכול לערוך קובץ PHP אם אתה רוצה.
http://il2.php.net/fopen