אם הsafe mode מכובה בשרת תשתמש בshell_exec ובעזרת הפקודה tar תכווץ את הקבצים, במידה והsafe mode פועל תריץ חיפוש באתר הזה
http://www.phpclasses.org/ על הביטוי zip תמצא הרבה מאוד מחלקות שעושות את העבודה.
אופציה נוספת במידה ומותקנת לך ההרחבה של הzip על השרת
http://il2.php.net/manual/en/ref.zip.php