אתה יכול להמיר רק את מה שאתה מקבל מהמסד.
אם באמת יש שני קידודים שונים ואתה לא תחליף למסד קידוד הטקסט יהיה חייב לעבור המרה בכל מקרה, ראיתי באתר של MYSQL שיש בו פונקציית המרה:
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/...t-convert.html
אולי זה יהיה עדיף מאחת בPHP.