אם תיכננת את כל הטבלאות שלך כמו שצריך ובנית כמו שצריך את האתר, אמור להיות לך שדה ID שהוא יחודי.
פשוט בכל השורות האלו שלך תתן את הID של השורה בתור ערך עבור הcheckbox, עכשיו כשאתה POST של אותו מסמך, תעשה ככה
PHP קוד:
DELETE FROM `Table` WHERE id IN ($_post['checkboxName'])
אני מקווה שהייתי מובן, בהצלחה.