בעיה בI/O של השרת
 

הודעה בכניסה לSSH:
server kernel: journal commit I/O error

ההודעה הזאת חוזרת על עצמה ב messages
Nov 1 07:00:51 server kernel: ata3.00: cmd 61/08:40:15:35:cb/00:00:04:00:00/40 tag 8 ncq 4096 out
Nov 1 07:00:51 server kernel: res 41/40:18:4d:31:03/40:00:00:00:00/40 Emask 0x9 (media error)

בעיה בדיסק? (הוא חדש דרך אגב)

למרות שהוא חדש כנראה שהוא עדיין פגום או שהבקר שלך בעייתי (סבירות יותר נמוכה).
תנסה להריץ את זה על דיסק אחר.

זו לא הודעה להתעלם ממנה, בעצם ההודעה מעידה על תקלה קריטית ב block device.

ata3.00 מעיד על היציאה בלוח האם אליו מקושר ההתקן

ההודעה השניה:
server kernel: journal commit I/O error

מדברת על המחיצה , שבעצם לא ניתן לכתוב לכונן.

תריץ smartctl על כל הדיסקים תדביק כאן את התוצאות...