COUNT לפי * סופר לפי PRIMERY KEY זאת אומרת שהוא יחזיר לך את כל השורות מבלי לבדוק את הערכים _(אם הם NULL או לא)

(מתוך האתר של MYSQL
COUNT(*) is somewhat different in that it returns a count of the number of rows retrieved, whether or not they contain NULL values.
)
ככה שאין קשר ,
גם לסגירה אין קשר , החיבור נסגר אוטומטית חלק מהסגירה של הדף ה PHP
אז 2 הנקודות האלה בוודאות לא מהוות את הבעיה.

יתכן והבעיה בשאילתות לא יעילות -
אתה קורא לטבלה שלמה כשאתה צריך טורים בודדים
שאילתות כפולות
וכד'....